历史证据显示，酸奶作为食品至少有4500多年的历史了，最早期的酸奶可能是游牧民族装在羊皮袋里的奶受到依附在袋的细菌自然发酵，而成为奶酪。现在，虽然许多国家都宣称酸奶是他们本国的发明，然而到目前为止还没有一个有力的证据能表明谁是第一个发现者，也许酸奶被独立地发现了很多次。
据十一世纪由麻赫穆德·喀什噶里编写的《突厥语大词典》以及尤素甫·哈斯·哈吉甫撰写的《福乐智慧》两本书中都记载了土耳其人在中世纪就在食用酸奶了。这两部书在不同侧面都提到了“yoghurt”这个词，并详细记录了游牧的土耳其人使用酸奶的方法。欧洲有关酸奶的第一个记载源自于法国的临床历史记录：弗朗西斯一世患上了一场严重的痢疾，当时的法国医生都束手无策，盟国的苏莱曼一世给他派了一个医生，这个医生宣称用酸奶治好了病人。
直到二十世纪，酸奶才成为了南亚、中亚、西亚、欧洲东南部和中欧地区的食物材料。俄国生物学家埃黎耶·埃黎赫·梅契尼可夫推断出保加利亚人长寿的原因是由于他们长久以来进食奶酪的习惯。梅契尼可夫提出乳酸菌是人类维持身体健康的一项重要元素，于是他开始于全欧洲推广奶酪这种食品。其后，一位西班牙企业家伊萨克·卡拉索将奶酪的生产工业化，于1919年，卡拉索在巴塞罗那推广他的奶酪产品，并以自己儿子的名字Danone（达能）为商品命名，而在美国的名称“Dannon”更为人所熟悉。有一说法，奶酪在加入果酱果肉后，更能发挥其保护效能，对抗病毒的入侵，这种加入果酱果肉的奶酪最后在1933年，由一间布拉格的乳制品公司RadlickáMlékárna 取得专利，并于1947年由达能公司引入美国。
早在公元前3000多年以前，居住在安纳托利亚高原（现也称土耳其高原）的古代游牧民族就已经制作和饮用酸奶了。最初的酸奶可能起源于偶然的机会。那时羊奶存放时经常会变质，这是由于细菌污染了羊奶所致，但是有一次空气中的酵母菌偶尔进入羊奶，使羊奶发生了变化，变得更为酸甜适口了。这就是最早的酸奶。牧人发现这种酸奶很好喝。为了能继续得到酸奶，便把它接种到煮开后冷却的新鲜羊奶中，经过一段时间的培养发酵，便获得了新的酸奶。
公元前2000多年前，在希腊东北部和保加利亚地区生息的古代色雷斯人也掌握了酸奶的制作技术。他们最初使用的也是羊奶。后来，酸奶技术被古希腊人传到了欧洲的其它地方。
20世纪初，俄国科学家伊·缅奇尼科夫在研究保加利亚人为什么长寿者较多的现象时，调查发现这些长寿者都爱喝酸奶。他还分离发现了酸奶的酵母菌，命名为“保加利亚乳酸杆菌”。缅奇尼科夫的研究成果使西班牙商人萨克·卡拉索很爱，他在第一次世界大战后建立酸奶制造厂，把酸奶作为一种具有药物作用的 “长寿饮料”放在药房销售，但销路平平。第二次世界大战爆发后，卡拉索来到美国又建了一座酸奶厂，这次他不再在药店销售了，而是打入了咖啡馆、冷饮店，并大作广告，很快酸奶就在美国打开了销路，并迅速风靡了世界。
1979年，日本又发明了酸奶粉。饮用时只需加入适量的水，搅拌均匀，即可得到美味酸奶。
